O Fluminense Football Club foi fundado na casa de Horácio da Costa Santos, na rua Marquês de Abrantes, número 51, no Rio de Janeiro. A seção de fundação, realizada em 21 de julho de 1902, foi presidida por Manuel Rios e secretariada por Oscar Cox e Américo Couto. Oscar Cox foi escolhido o primeiro presidente do clube a partir da proposta de João Carlos de Mello e Virgílio Leite. Dessa maneira, Manoel Rios tornou-se secretário da entidade. Em 17 de outubro deste mesmo ano o clube já estava instalado em Laranjeiras, bairro nobre do Rio de Janeiro.

O Fluminense foi o primeiro clube a ser criado no futebol carioca, sendo o mais antigo entre os grandes clubes brasileiros, considerando a prática do futebol. Inicialmente, o time de futebol utilizava uniforme nas cores branco e cinza. Todos os seus fundadores eram cariocas, mas nos primeiros anos, entre os seus sócios, haviam vários estrangeiros, em sua maioria britânicos e alemães.

Em 15 de julho de 1904, após Assembléia Geral Extraordinária, o Fluminense trocou a camisa anterior pela tricolor. Passou a adotar as três cores presentes no hino composto por Lamartine Babo: verde, branco e grená, que passaram a ser as cores oficiais do clube até hoje.

1902-1911: Pioneirismo

Após introduzir o futebol no Rio de Janeiro de forma organizada, Oscar Cox e mais dezenove entusiastas fundaram o Fluminense Football Club em 21 de Julho de 1902. A primeira partida oficial realizou-se no campo do Paysandú Cricket Club, quando o Fluminense venceu o Rio Football Club por 8 a 0.

Em setembro de 1903, o Fluminense fez a sua estréia em jogos inter-estaduais, disputando três jogos na capital paulista. Após enfrentar quatorze horas de viagem, dirigiu-se à campo para enfrentar o Sport Club Internacional, empatando de 0 a 0 no dia 6. Já descansado, no dia 8 daquele mês, derrotou o Club Athletico Paulistano por 2 a 1 no dia 7 e o São Paulo Athletic por 3 a 0.

No fim deste mesmo ano o Fluminense começou os esforços para fundar a Liga Carioca, o que se concretizou no dia 8 de Junho de 1905.

O Fluminense promoveu a visita do Club Athletico Paulistano em julho de 1905, tendo disputado duas partidas, nos dias 14 e 16, vencendo o primeiro jogo por 2 a 0 e perdendo o segundo por 3 a 2, com cerca de 2.500 pessoas assistindo cada partida, contando inclusive com a presença do Presidente da República, Rodrigues Alves. Presidentes da República durante décadas compareceriam aos grandes eventos no Fluminense e alguns deles foram associados deste clube.

Em 22 de outubro de 1905, aconteceu a primeira partida entre Fluminense e Botafogo, data esta que marca o clássico de futebol mais antigo do Brasil, o Clássico Vovô. Nesta ocasião, o Fluminense venceu por 6 a 0.

A primeira partida da história do Campeonato Carioca deu-se no dia 3 de Maio de 1906, quando o Fluminense derrotou o Payssandu por 7 a 1 em Laranjeiras, perante cerca de 1.000 torcedores elegantemente trajados, seguindo o padrão desta época.

Entre 1906 e 1911, o Fluminense dominou amplamente o futebol carioca, vencendo 6 dos 5 primeiros campeonatos. Nestes seis primeiros campeonatos, o Fluminense obteve 43 vitórias, 5 empates e apenas 4 derrotas, com 217 gols pró e 49 contra. Em 1907, quando terminou o campeonato empatado em pontos com o Botafogo, tinha o melhor saldo de gols no campeonato e no confronto direto, tendo sido ainda campeão invicto em 1908, 1909 e 1911, neste último sem perder nenhum ponto.

Em 1911, Edwin Cox e o alemão Bruno Schuback, dois de seus principais jogadores, deixaram o clube para defender o Grêmio Foot-Ball Porto Alegrense, para onde levaram também elevados conceitos de organização, implantando algumas modificações no clube gaúcho. No final deste ano, mais nove de seus titulares saíram do clube após grave cisão, indo fundar o departamento de futebol do Clube de Regatas do Flamengo. Neste ano o Fluminense, torna-se o primeiro clube do Brasil, a contratar um técnico profissional por longo prazo, o inglês Charles Williams, recrutado em Londres. Em 1907, Jack Hamilton havia sido contratado pelo Paulistano para treinar os seus times por apenas 3 meses, após o que retornou ao seu Fulham FC.